Microbiologia e Virologia Clinica

Informazioni generali

La sezione di microbiologia e virologia dell’ istituto Diagnostico Varelli opera con le migliori tecnologie possibili atte all’identificazione e alla cure delle malattie infettive. Innovativi sistemi di prelievo e di conservazione del campione unitamente a tecniche di ricerca di ultima generazione permettono una resa diagnostica ottimale.

  • Tamponi e Ricerche colturali;
  • Microbiologia e Virologia Molecolare;
  • Diagnostica Sierologica.

L’infezione da Helicobacter Pylori è una delle più diffuse infezioni a lento decorso del mondo. Nei paesi occidentali, in generale, colpisce circa il 20% delle persone al di sotto dei 40 anni ed il 50% di quelle sopra i 60 anni. L’Helicobacter Pylori si trasmettere per via oro-orale o oro-fecale da persona a persona. Si può quindi manifestare, principalmente, con dolori in sede epigastrica (a livello dello stomaco), ma anche attraverso semplici disturbi funzionali. In molti casi l’infezione decorre in maniera asintomatica. L’infezione da Helicobacter Pylori, se non riconosciuta e trattata causa gastrite cronica ed è associata allo sviluppo dell’ulcera gastrica e duodenale. Attualmente sono a disposizione diversi metodi sia invasivi sia non invasivi per la diagnosi di infezione da Helicobacter Pylori.

I test non invasivi più affidabili disponibili al momento sono:

  • La ricerca dell’antigene fecale dell’Helicobacter Pylori;
  • Il breath test all’urea.
La ricerca dell’Helicobacter Pylori nelle feci è un test immunoenzimatico che permette l’identificazione di un antigene del batterio nelle feci.

Il breath test all’Urea

Consiste nell’ingestione di urea marcata con carbonio 13, previa raccolta di un campione di respiro in una speciale provetta.
Tale raccolta di respiro viene effettuata anche 30 minuti dopo l’ingestione dell’urea.
Esaminando il respiro così raccolto, se la quantità di anidride carbonica marcata è superiore a quella presente nel respiro pre ingestione dell’urea, il test viene considerato positivo per infezione da Helicobacter Pylori. Ciò succede perché, quando è presente nello stomaco l’Helicobacter Pylori, l’urea marcata viene trasformata in anidride carbonica.
La diagnosi definitiva di infezione da Helicobacter Pylori e l’evidenza delle conseguenze dell’infezione possono essere fatte solo con l’esecuzione di una esofagogastroduodenoscopia con biopsia dello stomaco. Il frammento bioptico, oltre ad essere esaminato istologicamente per valutare i danni provocati dal batterio, può anche essere messo in coltura per valutare il tipo di batterio e per definire gli antibiotici a cui è più sensibile.
È importante che i test siano eseguiti quando il paziente non segua alcuna terapia né con antibiotici, né con inibitori della secrezione acida gastrica.
Si possono anche quantificare gli anticorpi anti helicobacter nel sangue, ma la loro presenza indica solo l’avvenuto contatto dell’organismo con il batterio e non è indice di infezione vera e propria..

La tubercolosi è una patologia che colpisce principalmente il polmone ed è trasmessa per via aerea da persona a persona. Le nuove condizioni socio-economiche e i flussi migratori dai paesi in via di sviluppo hanno causato un considerevole aumento di nuovi casi di tubercolosi. Questa evenienza unitamente al fatto che la tubercolosi in stadio iniziale non si manifesta clinicamente e resta misconosciuta in uno fase di infezione latente, determinano la rinnovata a attenzione diagnostica per il controllo della patologia.

I test non invasivi più affidabili disponibili al momento sono:

  • Ricerca del micobatterio a fresco su espettorato;
  • Coltura microbiologia;
  • Quantiferon-TB;
  • Ricerca biologia molecolare (PCR) da sangue, liquor, secreto gastrico.

Quantiferon-TB

E’ il nuovo test per la diagnosi di infezione da bacillo tubercolare, che sostiuisce di fatto la prova di Mantoux.

Principio del test

Il plasma del paziente viene incubato a 37° per 12h in provette dedicate in cui è fissato l’antigene tubercolare. I linfociti dei soggetti infetti riconoscono l’antigene e generano una reazione immunitaria che si esprime in una produzione di INF-gamma, successivamente dosato con metodica ELISA. I pazienti non affetti avranno produzione di INF-gamma molto minore.
Vantaggi Analitici:
  • sensibilità (89%) e specificità (98%) superiori a qualsiasi altro test;
  • alta riproducibilità;
  • nessuna interferenza con bacilli BGC per usati per vaccinazioni e con micobatteri non tubercolari;
  • sensibilità e specificità elevate anche in pazienzi immunocompromessi;
  • rapidità di esecuzione.
Vantaggi Clinici:
  • diagnosi certa e precoce;
  • individuazione forme tubercolari latenti (LTBI);
  • prevenzione attivazione dell’infezione in pazienti senza diagnosi;
  • controllo epidemiologico.
Modalità raccolta campioni:

Materiale: sangue N°3 provette dedicate (Il kit contiene 3 provette dedicate)

  • tappo grigio (controllo nullo);
  • tappo rosso (antigene tb);
  • tappo viola (controllo mitogeno).

Prelevare 1 ml di per provetta e agitare numerose volte.

ATTENZIONE
Eseguire il prelievo durante l’orario di apertura del Laboratorio e consegnarlo al più presto, non oltre 16 ore dal prelievo. Il campione non deve essere refrigerato né congelato ma mantenuto a temperatura ambiente.

Mycobacterium DNA

Il test in biologia molecolare è contraddistinto da elevata sensibilità e specificità e può essere eseguito da diverse matrici biologiche

Ricerche colturali classiche possono essere effettuate a partire da qualsiasi sede anatomica.
Tali tecniche permettono di identificare il patogeno in questione e di produrre l’ antibiogramma che dà indispensabili informazioni sulla terapia antibiotica da adottare.
  • Tampone Faringeo;
  • Tampone gengivale / linguale;
  • Tampone oculare;
  • Tampone auricolare;
  • Tampone nasale;
  • Tampone da ferita;
  • Tampone vaginale / cervicale;
  • Tampone rettale / esame colturale feci / parassitologico feci;
  • Tampone uretrale;
  • Coprocoltura / Tampone rettale;
  • Urinocultura;
  • Endometriocoltura;
  • Coltura espettorato;
  • Coprocultura;
  • Ricerca miceti / antimicogramma;
  • Esame colturale espettorato;
  • Scotch test;
  • Emocultura;
  • Spermiocultura.

Ricerche in biologia molecolare

Le tecniche in biologia molecolare hanno una sensibilità elevatissima riducendo il rischio di falsi negativi. In condizioni come gravidanza, patogeni di difficile identificazione con tecniche tradizionali o diagnosi complesse, tale procedura diagnostica è fortemente consigliata. La matrice biologica può essere sangue, amnios, urina, feci o liquor.

Indagini in biologia molecolare

L’applicazione delle tecniche di biologia molecolare nella diagnosi e nel follow-up dei pazienti affetti da epatite è largamente diffusa ed essenziale per una diagnosi efficace, per una corretta interpretazione dell’integrazione ospite-virus e per il corretto monitoraggio terapeutico.

  • Il test qualitativo rileva o meno la presenza dei virus;
  • Il test quantitativo invece, quantizza la carica virale in UI/mL.
Il test per HCV RNA è altamente significativo poiché non solo conferma l’infezione, ma predice anche la risposta del virus alle terapie e la eventuale necessità di cambiare regime terapeutico.
L’Istituto Varelli esegue un grande numero di diagnosi molecolari, avvalendosi della migliore tecnologia e di personale appositamente praparato.

L’applicazione delle tecniche di biologia molecolare nelloa diagnosi e nel follow-up dei pazienti affetti da Epatite B è largamente diffusa ed essenziale per una diagnosi efficace, per una corretta interpretazione dell’ integrazione ospite-virus e per il corretto monitoraggio terapeutico.

  • Il test qualitativo rileva o meno la presenza dei virus;
  • Il test quantitativo invece, quantizza la carica virale in UI/mL.
Il test per HBV DNA è altamente significativo poiché oltre a confermare l’infezione rilevata tramite sierologia classica (anticorpi) permette di predire il decorso della patologia e la risposta del virus alle terapie e la eventuale necessità di cambiare regime terapeutico.
L’Istituto Varelli esegue un grande numero di diagnosi molecolari, avvalendosi della migliore tecnologia e di personale appositamente praparato.

Il papilloma virus è l’agente eziologico del cancro della cervice uterina.
Esistono vari tipi di virus HPV, ma non tutti hanno lo stesso potenziale patogeno; gli HPV clinicamente si suddividono in ceppi ad alto rischio e ceppi a basso rischio.
I ceppi di HPV maggiormente associati a lesioni precancerose sono: 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 68.

Chi deve eseguire il test:

  • Donne di età inferiore a 30 anni a cui sono state diagnosticate atipie cellulari al pap-test/thin-prep;
  • Tutte le donne di età maggiore di 30, in associazione con il pap-test/thin-prep con cadenza triennale;
  • L’associazione di HPV e citologia(pap-test/thin-prep)aumenta in ogni caso l’efficacia dello screening.

La rilevazione dell’infezione e soprattutto la tipizzazione del ceppo isolato rappresentano passi fondamentali per corretta prevenzione del carcinoma.

Il monitoraggio infettivologico è di fondamentale importanza lungo tutto il periodo di gravidanzaNumerosi sono i patogeni la cui infezione, se contratta in gravidanza, in particolare nei primi 3 mesi, causano danni al feto. Molti agenti patogeni possono determinare complicanze sia al feto che alla madre è importante quindi monitorare la presenza degli agenti patogeni nella madre e nell’amnios.

I principali patogeni che è necessario monitorare in gravidanza sono:

  • Citomagalovirus;
  • Herpes simplex;
  • Varicella zoster;
  • Rubeovirus;
  • HIV;
  • Toxoplasma gondii;
  • Parvovirus.

Matrice Biologica:

  • Sangue – Liquido Amniotico.

Le tecniche molecolari in pcr, data la comprovata superiorità in termini di sensibilità e specificità rispetto alle comuni tecniche sierologiche e data l’importanza del dato diagnostico in questione sono fortemente raccomandate,
Le conseguenze di infezioni fetali si traducono in aborti, malformazioni fetali, prematurità e ritardo di crescita.

Le Malattie Sessualmente Trasmesse (MST), oltre 300 milioni di casi anno, rappresentano ormai un problema disalute a livello mondiale.
Costumi ed abitudini di vita più liberi, facilità di spostamento fra continenti, migrazioni di intere popolazioni alla ricerca di condizioni socio-economiche migliori, hanno contribuito in modo decisivo all’espansione di questo fenomeno. L’emergenza di nuovi agenti infettanti hanno ampliato lo spettro delle patologie veneree che solo pochi anni fa sembravano, se non in via di estinzione, sicuramente in una fase di contenimento.
Tutto ciò ha determinato l’insorgenza di nuovi quadri morbosi oltre che di complicanze e sequele inusuali fino a pochi anni fa.

Tra questi, sterilità, gravidanze ectopiche, aborti, mortalità perinatale, rischio di coinvolgimento di altri organi sono associati sempre più a malattie sessualmente trasmesse.

I principali patogeni responsabili di queste patologie sono:

  • Chlamydia trachomatis;
  • Mycoplasma hominis;
  • Mycoplasma genitalium;
  • Neisseria gonorrhoeae;
  • Tricomonas vaginalis;
  • HPV;
  • HSV genitalis.
Molto spesso queste patologie decorrono in maniera completamente asintomatica e tendono a cronicizzare producendo esiti irreversibili.

Principali complicanze:

  • Cerviciti e Uretriti;
  • Infertilità e mallatia infiammatori pelvica;
  • Cistiti;
  • Parto prematuro;
  • Trasmissione verticale;
  • Potenziale oncogeno (per HPV).
Le tecniche molecolari sono il gold standard per la rilevazione e la diagnosi di queste patologie: Come ampiamente dimostrato infatti né la sierologia, ne tecniche colturali o di fluorescenza hanno il rate diagnostico della tecniche molecolari.

Le tecniche molecolari permettono di diagnosticare ed identificare patogeni gastrointestinali, sia batterici che virali, non altrimenti rilevabili con esami colturali classici.
I patogeni identificabili sono

  • Rotavirus;
  • Norovirus;
  • Astrovirus;
  • Adenovirus;
  • Salmonella spp;
  • Sighella spp;
  • Vibrio spp;
  • Campilobacter jejuni;
  • Yersinia enterocolitica;
  • Aeromonas spp;
  • Escherichia coli O157:h7;
  • Escherichia coli VTEC.

Matrice Biologica:

  • tampone rettale o campione di feci.

Le dermatomicosi sono infezioni di cute, capelli e unghie, per lo più provocate da dermatofiti e in alcuni casi da lieviti e muffe.
dermatofiti comprendono i funghi del genere: Trichophyton, Epidermophyton, Nannizzia, Paraphyton, Lophophyton, Microsporum e Arthroderma. A seconda dell’ospite principale, i dermatofiti si suddividono in antropofili (umani)zoofili (animali) e geofili (terreno). I lieviti e le muffe patogeni per gli umani sono, tra gli altri, Candida spec., Scopulariopsis brevicaulis, Fusarium spec. e Aspergillus fumigatus.

Tipologie

Le infezioni fungine cutanee rappresentano la malattia infettiva più frequente, con alti tassi di ricaduta. In tutto il mondo, il 20 e il 25% della popolazione è colpita da queste malattie. Circa il 70 % di tutte le infezioni umane da dermatofiti sono provocate dalle specie antropofile (gli insetti che attaccano l’uomo e gli animali domestici ).

dermatofiti zoofili provocano spesso gravi reazioni infiammatorie nell’uomo. La loro trasmissione ha luogo per contatto, soprattutto con gli animali domestici, che sono spesso portatori asintomatici.
Invece i dermatofiti geofili raramente sono la causa di patologie negli umani ma tuttavia, il contatto con Nannizzia gypsea può portare a infezioni su mani e arti superiori soprattutto nei giardinieri o negli agricoltori.

I test diagnostici standard di laboratorio comprendono la determinazione mediante microscopio del fungo e prevede la crescita del patogeno su terreni di coltura. La coltura tuttavia è un’attività che richiede un certo dispendio di tempo e può essere ostacolato dalla terapia antimicotica avviata prima del prelievo del campione.
Soprattutto nelle infezioni miste, il metodo della coltura porta spesso a una diagnosi errata, dato che le specie che crescono più lentamente vengono trascurate oppure vengono nascoste da altri patogeni a crescita più rapida presenti nel campione.

Il test DERMO-ARRAY Dermatomicosi

Innovazione specificità e sensibilità

E’ una combinazione tra una PCR multiparametro e un microarrayrileva fino a 50 dermatofiti e identifica chiaramente fino a 23 specie di dermatofiti e 6 lieviti/muffe in un’unica reazione.
La determinazione è altamente specifica e sensibile, anche dopo l’avvio della terapia e permette di avere una risposta in tempi rapidi rispetto alla coltura.

Il test DERMO-ARRAY Dermatomicosi contribuisce quindi in modo significativo a migliorare l’identificazione dei patogeni delle dermatomicosi e a definire il trattamento specifico più idoneo consentendo, inoltre, di determinare rapidamente la fonte dell’infezione.

IL RISULTATO DEVE ESSERE VISIONATO DA UN DERMATOLOGO PER INDIVIDUARE LA CURA.